5 мая 1949 г. была завершена постройка самолета, на котором установили двигатель, правда, пока еще в макетном, то есть в нерабочем состоянии. Этот самолет назывался «346-1». В течение лета и сентября 1949 г. проводилась наземная подготовка его к летным испытаниям. Первый полет состоялся 30 сентября. Вес самолета составлял 3145 кг. Отцепка«346-1», который пилотировал В. Цизе, произошла на высоте 9700 м. Выяснилось, что самолет обладает рядом недостатков в управлении. Эти недостатки были присущи планеру «346-П», но тогда летчик не счел их опасными. На «346-1» ситуация оказалась иной - на ряде режимов полета производить эволюции не представлялось возможным. Несмотря на трудности летчик все же смог овладеть управлением. Однако расчет на посадку был произведен недостаточно точно, и самолет подошел к земле на повышенной скорости (примерно 310 км/ч). После первого касания земли он взмыл на высоту 3-4 м и пролетел еще 700-800 м. При втором приземлении посадочная лыжа самолета сложилась, и дальнейший пробег до полной остановки самолет совершил на фюзеляже. Ложе летчика и система привязных ремней оказались также не совсем надежными. При резком торможении на пробеге В. Цизе значительно сдвинулся вперед, ударился лицом о передний поперечный раскос кабины и потерял сознание. К счастью, травмы, полученные летчиком, оказались не тяжелыми, и через некоторое время после лечения в госпитале он смог вернуться к летной работе.

Для выяснения причин аварии была создана комиссия во главе с летчиком-испытателем Н. С. Рыбко. Комиссия пришла к выводу, что причиной аварии стал неполный выпуск посадочной лыжи. В аварийном акте было записано: «Единственной возможной причиной неполного выпуска лыжи в полете… явились неправильные действия летчика Цизе, выразившиеся в том, что он не полностью нажимал на кнопку сцепления рычага выпуска лыжи. В результате рычаг лебедки работал вхолостую, и лыжа не была поставлена на замок». К этому заключению можно добавить, что из-за трудностей, возникших в управлении, все внимание летчика, видимо, сосредоточилось на пилотировании самолета, и именно поэтому он не полностью нажимал кнопку сцепления рычага выпуска лыжи.

После аварии самолет был отремонтирован, на нем произвели ряд доработок, а затем перевезли в ЛИИ. Там на машине летал летчик-испытатель Петр Иванович Казьмин. Основное внимание в его полетах уделялось пилотажным качествам «346-1». ЖРД не включался. В первом же полете лыжа снова не встала на замок. Однако посадка, произведенная на снег, окончилась вполне благополучно, и «346-1» оказался почти не поврежденным. Через некоторое время П. И. Казьмин произвел второй полет, в котором «346-1» буксировался самолетом Ту-2 на высоту около 2 км, затем был отцеплен и совершил свободный полет. Посадка опять не удалась, поскольку произошла с недолетом. Вновь потребовался ремонт.