В сокращенном виде представлены два варианта классификации прокариот в соответствии с последними изданиями руководства Берджи по идентификации[1] (1) и систематике[2] (2) бактерий.

ГРУППА 1. Спирохеты (Borrelia, Spirochaeta, Treponema[3])

ГРУППА 2. Аэробные/микроаэрофильные, подвижные, спиральные/ изогнутые грамотрицательные бактерии (Aquaspirillum, Bdello–vibrio, Helicobacter)

ГРУППА 3. Неподвижные (или редко – подвижные) грамотрицательные изогнутые бактерии (Ancylobacter, Spirosoma)

ГРУППА 4. Грамотрицательные, аэробные/микроаэрофильные палочки и кокки

ПОДГРУППА 1 (Agrobacterium, Azotobacter, Bradyrhizobium, Methy–lobacterium, Paracoccus, Rhizobium, Zoogloea)

ПОДГРУППА 2 (Taylorella, Wolinella)

ГРУППА 5. Факультативно анаэробные грамотрицательные палочки

ПОДГРУППА 1. Семейство Enterobacteriaceae (Klebsiella, Proteus, Salmonella)

ПОДГРУППА 2. Семейство Vibrionaceae (Aeromonas, Vibrio)

ПОДГРУППА 3. Семейство Pasteurellaceae (Pasteurella)

ПОДГРУППА 4. Другие роды

ГРУППА 6. Грамотрицательные, анаэробные, прямые, изогнутые и спиральные бактерии (Acetogenium, Bacteroides, Fusobacterium, Selenomonas)

ГРУППА 7. Бактерии, осуществляющие диссимиляционное восстановление сульфата или серы

ПОДГРУППА 1 (Desulfotomaculum)

ПОДГРУППА 2 (Desulfomicrobium, Desulfovibrio)

ПОДГРУППА 3 (Desulfobacter, Desulfococcus, Desulfonema)

ПОДГРУППА 4 (Desulfurella, Desulfuromonas)

ГРУППА 8. Анаэробные грамотрицательные кокки (Syntrophococcus, Yeillonella)

ГРУППА 9. Риккетсии и хламидии (Rickettsia, Chlamydia)

ГРУППА 10. Аноксигенные фототрофные бактерии

ПОДГРУППА 1 (Chromatium, Thiocapsa, Thiospirillum)

ПОДГРУППА 2 (Ectothiorhodospira)

ПОДГРУППА 3 (Rhodobacter, Rhodopseudomonas, Rhodospirillum)

ПОДГРУППА 4 (Heliobacillus, Heliobacterium)

ПОДГРУППА 5 (Chlorobium, Prosthecochloris)

ПОДГРУППА 6 (Chloroflexus)

ПОДГРУППА 7 (Erythrobacter)

ГРУППА 11. Оксигенные фототрофные бактерии

I. Цианобактерии

ПОДГРУППА 1 (Порядок Chroococcales: Synechococcus)

ПОДГРУППА 2 (Порядок Pleurocapsales: Dermocarpa)

ПОДГРУППА 3 (Порядок Oscillatoriales: Oscillatoria, Spirulina)

ПОДГРУППА 4 (Порядок Nostocales: Anabaena, Nostoc, Calothrix)

ПОДГРУППА 5 (Порядок Stigonematales: Fischerella, Stigonema)

II. Прохлорофиты (Порядок Prochlorales: Prochloron, Prochlorothrix)

ГРУППА 12. Аэробные хемолитотрофные бактерии и родственные им организмы

ПОДГРУППА 1. Бесцветные сероокисляющие бактерии (Thiobacillus)

ПОДГРУППА 2. Железо–и марганецокисляющие и/или осаждающие бактерии (Gallionella, Metallogenium, Siderocapsa)

ПОДГРУППА 3. Нитрифицирующие бактерии (Nitrobacter, Nitro–coccus, Nitrosomonas, Nitrosospira)

ГРУППА 13. Почкующиеся и/или обладающие выростами бактерии

ПОДГРУППА 1. Простекобактерии (Caulobacter, Hyphomicrobium)

ПОДГРУППА 2. Порядок Planctomycetales (Planctomyces)

ПОДГРУППА 3. Другие почкующиеся и/или обладающие выростами бактерии (Nevskia, Seliberia)

ГРУППА 14. Бактерии, обладающие чехлом (Leptothrix, Sphaerotilus)

ГРУППА 15. Нефотосинтезирующие, не образующие плодовых тел скользящие бактерии

ПОДГРУППА 1. Одноклеточные палочковидные скользящие бактерии (Cytophaga, Flexibacter)

ПОДГРУППА 2. Плоские нитчатые скользящие бактерии (Alysiella, Simonsiella)

ПОДГРУППА 3. Сероокисляющие скользящие бактерии (Achromatium, Beggiatoa)

ПОДГРУППА 4. Пелонемы («Pelonema», «Peloploca»)

ГРУППА 16. Скользящие бактерии, образующие плодовые тела: мик–собактерии (Chondromyces, Myxococcus, Polyangium)

Грамположительные бактерии

ГРУППА 17. Грамположительные кокки (Leuconostoc, Micrococcus, Staphylococcus)

ГРУППА 18. Грамположительные палочки и кокки, образующие эндоспоры (Bacillus, Clostridium, Sulfobacillus)

ГРУППА 19. Грамположительные неспорообразующие палочки правильной формы (Caryophanon, Lactobacillus)

ГРУППА 20. Грамположительные неспорообразующие палочки неправильной формы (Arthrobacter, Bifidobacterium, Propionibacterium)

ГРУППА 21. Микобактерии (Mycobacterium)

ГРУППЫ 22–29. Актиномицеты

ГРУППА 22. Нокардиоформные актиномицеты

ПОДГРУППА 1. Бактерии, содержащие миколовые кислоты (No–cardia, Rhodococcus)

ПОДГРУППА 2. Pseudonocardia и близкие роды

ПОДГРУППА 3. Nocardioides и Terrabacter

ПОДГРУППА 4. Promicromonospora и близкие роды

ГРУППА 23. Роды с многогнездными спорангиями (Frankia)

ГРУППА 24. Актинопланы (Actinoplanes)

ГРУППА 25. Стрептомицеты и близкие роды (Streptomyces)

ГРУППА 26. Мадуромицеты

ПОДГРУППА 1. Streptosporangium и родственные таксоны

ПОДГРУППА 2. Actinomadura

ГРУППА 27. Thermomonospora и близкие роды

ГРУППА 28. Термоактиномицеты (Thermoactinomyces)

ГРУППА 29. Другие роды

Микоплазмы

ГРУППА 30. Микоплазмы (или молликуты): бактерии без клеточной стенки (Mycoplasma)

Архебактерии (археи)

ГРУППА 31. Метаногены

ПОДГРУППА 1 (Methanobacterium)

ПОДГРУППА 2 (Methanococcus)

ПОДГРУППА 3 (Methanosarcina)

ГРУППА 32. Сульфатредуцирующие археи (Archaeoglobus)

ГРУППА 33. Экстремально галофильные аэробные архебактерии (галобактерии) (Halobacterium, Halococcus, Natronococcus)

ГРУППА 34. Архебактерии, лишенные клеточной стенки (Thermoplasma)

ГРУППА 35. Экстремальные термофилы и гипертермофилы, метаболизирующие S

ПОДГРУППА 1 (Acidianus, Sulfolobus)

ПОДГРУППА 2 (Pyrobaculum, Thermoproteus)

ПОДГРУППА 3 (Desulfurococcus, Pyrodictium, Thermococcus)

ФИЛА[4] А1 Crenarchaeota

КЛАСС 1 Thermoprotei (Thermoproteus, Sulfolobus, Acidianus)

ФИЛА А2 Euryarchaeota

КЛАСС 1 Methanobacteria (Methanobacterium)

КЛАСС 2 Methanococci (Methanococcus, Methanosarcina)

КЛАСС 3 Halobacteria (Halobacterium, Natronobacterium)

КЛАСС 4 Thermoplasmata (Thermoplasma)

КЛАСС 5 Thermococci (Thermococcus)

КЛАСС 6 Archaeoglobi (Archaeoglobus)

КЛАСС 7 Methanopyri (Methanopyrus)

Домен Bacteria

ФИЛА B1 Aquificae

КЛАСС 1 Aquificae (Aquifex)

ФИЛА В2 Thermotogae

КЛАСС 1 Thermotogae (Thermotoga)

ФИЛА В3 Thermodesulfobacteria

КЛАСС 1 Thermodesulfobacteria (Thermodesulfobacterium)

ФИЛА В4 «Deinococcus–Thermus»[5]

КЛАСС 1 Deinococci (Deinococcus, Thermus)

ФИЛА В5 Chrysiogenetes

КЛАСС 1 Chrysiogenetes (Chrysiogenes)

ФИЛА В6 Chloroflexi

КЛАСС 1 «Chloroflexi» (Chloroflexus)

ФИЛА В7 Thermomicrobia

КЛАСС 1 Thermomicrobia (Thermomicrobium)

ФИЛА В8 Nitrospirae

КЛАСС 1 «Nitrospira» (Nitrospira, Leptospirillum)

ФИЛА В9 Deferribacteres

КЛАСС 1 Deferribacteres (Deferribacter)

ФИЛА В10 Cyanobacteria

КЛАСС 1 «Cyanobacteria» (Microcystis, Prochloron, Pleurocapsa, Oscillatoria, Nostoc, Stigonema)

ФИЛА В11 Chlorobi

КЛАСС 1 «Chlorobia» (Chlorobium)

ФИЛА В12 Proteobacteria

КЛАСС 1 «Alphaproteobacteria» (Rhodospirillum, Azospirillum, Rickettsia, Paracoccus, Sphingomonas, Caulobacter, Rhizobium, Nitrobacter, Rhodopseudomonas, Hyphomicrobium)

КЛАСС 2 «Betaproteobacteria» (Alcaligenes, Thiobacillus, Nitrosomo–nas, Zoogloea)

КЛАСС 3 «Gammaproteobacteria» (Chromatium, Ectothiorhodospira, Beggiatoa, Legionella, Pseudomonas, Azotobacter, Vibrio, Escherichia, Proteus, Salmonella)

КЛАСС 4 «Deltaproteobacteria» (Desulfurella, Desulfovibrio, Bdello–vibrio, Myxococcus)

КЛАСС 5 «Epsilonproteobacteria» (Helicobacter, Wolinella)

ФИЛА В13 Firmicutes

КЛАСС 1 «Clostridia» (Clostridium, Desulfotomaculum)

КЛАСС 2 Mollicutes (Mycoplasma)

КЛАСС 3 «Bacilli» (Bacillus, Lactobacillus)

ФИЛА В14 Actinobacteria

КЛАСС 1 Actinobacteriaceae (Micrococcus, Arthrobacter, Mycobacterium, Nocardia, Streptomyces, Frankia, Bifidobacterium)

ФИЛА В15 Planctomycetes

КЛАСС 1 «Planctomycetacia» (Planctomyces)

ФИЛА В14 Chlamydiae

КЛАСС 1 «Chlamydiae» (Chlamydia)

ФИЛА В17 Spirochaetes

КЛАСС 1 «Spirochaetes» (Spirochaeta)

ФИЛА В18 Fibrobacteres

КЛАСС 1 «Fibrobacteres» (Fibrobacter)

ФИЛА В19 Acidobacteria

КЛАСС 1 «Acidobacteria» (Acidobacterium)

ФИЛА В20 Bacteroidetes

КЛАСС 1 «Bacteroides» (Bacteroides)

КЛАСС 2 «Flavobacteria» (Flavobacterium)

КЛАСС 3 Sphingobacteria (Sphingobacterium, Flexibacter, Cytophaga)

ФИЛА В21 Fusobacteria

КЛАСС 1 «Fusobacteria» (Fusobacterium)

ФИЛА В22 Verrucomicrobia

КЛАСС 1 Verrucomicrobiae (Verrucomicrobium)

ФИЛА В23 Dictyoglomi

КЛАСС 1 «Dictyoglomi» (Dictyoglomus)