На протяжении большей части рассматриваемого нами периода Панамский перешеек административно принадлежал вице-королевству Перу, однако аудиенция (трибунал, который в испанской Америке действовал как административный совет на территории, включающей несколько королевств и много областей, и состоял из президента и нескольких оидорес) и епископ имели свои органы управления с центром в городе Панама. Юрисдикция аудиенции Панамы простиралась по всей области Верагуа (теперь западная часть Республики Панама) до Пунта-Бурика, где она граничила с юридическим пространством аудиенции Гватемалы.

Начинаясь у мыса Бурика, юрисдикция аудиенции Гватемалы распространялась к северу и на запад, вплоть до Теуантепека. В то время как формально власть на этой территории принадлежала вице-королю Новой Испании, фактически регион был независим от него. Капитан-генерал, живущий в Сантьяго-де-Гватемала (ныне Антигуа), также был президентом аудиенции и подчинялся непосредственно королю. В его подчинении было множество провинций с нечетко обозначенными границами, где власть принадлежала губернаторам и алькальд-мэрам – местным должностным лицам, наделенным королем полномочиями, приблизительно соответствующим английским мэрам города, но зачастую сфера полномочий которых распространялась на гораздо большую территорию. На западном побережье, с юга на север, этими провинциями были Коста-Рика, Никоя, Никарагуа, Сан-Мигель, Сан-Сальвадор, Сонсонат, Гватемала и Соконуско.

Начинаясь с провинции Теуантепек, территория, подвластная вице-королю Новой Испании, пролегала на запад и север вплоть до Калифорнии и выходила за ее пределы. Вице-король, имеющий королевский двор в Мехико, был ответствен в военном смысле за огромный регион, простирающийся от Вест-Индии до Филиппинских островов. Он также был президентом аудиенции Мексики, под юрисдикцию которой попадал и полуостров Юкатан. А в Гвадалахаре существовала отдельная, независимая аудиенция со своей судебной и даже политической властью. Под ее контролем, в свою очередь, находились королевства Нуэва-Галисия, Нуэва-Визкайя, а также земли к северу от побережья залива Навидад. Обе части Калифорнии подчинялись непосредственно вице-королю Новой Испании. Органы местного самоуправления немногочисленных испанских поселений, расположенных вдоль побережья, были вверены алькальд-мэрам. На самом деле алькальд-мэры были наделены обширными полномочиями и обладали властью большей, чем обычные мэры, фактически это были губернаторы зачастую довольно обширных территорий. Прибрежными территориальными единицами и делениями в Новой Испании, находившимися в подчинении алькальд-мэров, были Теуантепек, Гуатулько, Акапулько, Закатула, Колима и Аутлан. А в числе подобных делений аудиенции Гвадалахары были Ла-Пурификасьен, Компостела, Сан-Себастьян и Кульякан.